药学部成立于建院之初的1942年，现已成为集药品供应保障、药品调剂、临床药学服务、药事管理、教学科研为一体的综合性部门。现有专业技术人员115人，其中正高级职称4人，副高级职称12人，中级职称32人，含博士4人，硕士35人，本科42人。药学部目前有博士生导师1人，硕士生导师4人，国家临床药师培训基地师资6人，国家卫健委紧缺人才药师岗位师资21人。药学部是中国药理学会TDM专业委员会儿童TDM学组组长单位，中国药学会医院药学专业委员会儿科药学学组副组长单位，中华医学会儿科学分会临床药理学组副组长单位，福棠儿童医学发展研究中心药学专业委员会主任委员单位。

药学部承担国家卫健委儿童用药专家委员会办公室的日常工作及国家卫健委、国家药品监督管理局委托课题，国家自然科学基金委面上项目及青年科学基金项目，承担国家十二五、十三五、十四五国家重点研发计划或科技重大专项研究任务。近五年团队荣获包括北京市科学技术进步奖二等奖在内的各类奖项40余项，累计发表文章120余篇，获得专利20余项。

药学部采用药品全生命周期管理模式，以患儿为中心，提供全程化药学服务。门诊药房配备了全自动发药机等智能设备，开展处方前置审核、点评工作，对患儿及家长进行用药指导。病房药房承担西城院区和顺义院区全部病房药品的供应和调剂工作，持续推进住院患儿的分剂量个性化调剂工作。药库承担全院药品的采购、保管、发放及药品信息维护工作，同时为合理用药提供信息、数据支持。作为医院的党员示范岗，药库班组在各类突发事件中充分发挥党员先锋作用，提供高效、准确的药品保供工作，多次获得表彰。

临床药学科深入各临床科室，深度参与呼吸系统等常见多发病、血液肿瘤、神经系统等重大疾病及罕见病的药物治疗管理，参与制订个体化药物治疗方案，参加联合查房、会诊；为儿童患者提供用药医嘱审核、药物重整、药学监护、用药教育等药学服务。对重点患者开展药学监护和不良反应监测工作，同时开设血液病、内分泌等五个专业药学门诊，发挥临床药师专业优势。临床药学科承担儿科临床药学及国家紧缺人才药师师资岗位培训的教学任务，近5年培养中西医临床药师65人次，培养研究生15人。在上级主管部门及医院领导、各部门的大力支持下，临床药学科于2024年11月开展独立线下药学门诊。

制剂中心负责我院制剂的配制与检验，向临床供应安全、有效、稳定、可控的制剂，满足临床需求；通过调剂调拨满足本市30余家医院对儿童制剂的需求，年调剂数量二十余万瓶；寄药到家服务满足在医院互联网诊疗平台就诊患儿的用药需求，年服务患者近两万人次；开展制剂室共建和委托加工业务；积极推进制剂研发与转化创新工作。